清屬36都。

民國年間為靈溪區莒溪鄉。

1949年建政時，沿用舊名。

1952年土改時，將轄區劃分為莒溪、西廳、上村、大石、田立五個鄉，隸屬睦源區。

1956年撤區并鄉時上述五鄉合并恢復莒溪鄉，劃歸橋墩區管轄。

1957年又分為西廳、莒溪兩鄉。

1958年公社化時兩鄉合并，稱莒溪管理區，隸屬橋墩公社。

1984年建立鄉政府，同年改為建制鎮。

1992年撤區擴鎮并鄉，天井鄉并入莒溪鎮。

2011年4月蒼南縣鄉鎮區劃調整并入橋墩鎮。

2016年1月蒼南縣鄉鎮區劃調整時新設莒溪鎮。