漢置東阿縣，屬東郡。

三國時期為魏地，隸屬同漢。

西晉屬濟北國，東晉改國為郡，東阿屬之。

南北朝時期，因南北分裂，政權迭易，457年，東阿并入谷城縣。

后魏，恢復東阿縣；北齊省谷城，入東阿，屬濟州。

隋朝，東阿屬兗州濟北郡。

唐武德四年（621），屬濟州，隸河南道；天寶元年（742），更州為郡，隸濟陽郡，同年恢復谷城縣；天寶十三年（754），改屬鄆州東平郡；大歷元年（766），鄆州改為淄青道，東阿屬之；元和十四年（819）鄆州屬天平郡，東阿隨之改隸。

五代十國時期，東阿屬鄆州天平節度使。

宋初，屬京東路；慶歷元年（1041），置西路安撫使，東阿隨郡改隸；雍正十三年（1735），改屬泰安府。

1914年東阿隸山東東臨道；1928年，廢道直隸山東省府；1937年1月屬山東省第一行政督察區。

1940年，東阿縣抗日民主政府建立后，初屬魯西北行政委員會（專區級）；同年4月屬魯西行政區運東專區（同年11月改為魯西第四專區）。

1941年7月屬冀魯豫第四(運東)專區（9月改稱晉冀魯豫邊區第十九專區）。

1943年初屬晉冀魯豫邊區第十六（泰運）專區。

1946年11月，東阿縣屬冀魯豫第六（運東）專區。

1949年8月，東阿屬平原省平原省聊城專區。

1952年11月，平原省撤銷，東阿隨聊城專區改屬山東省。

1958年12月，東阿建制撤銷，各公社分別并入壽張、茌平縣；1961年10月，恢復東阿縣，其隸屬未變。

1967年，專區改為地區，東阿屬聊城地區。

1997年8月，屬山東省聊城市至今。