商周時期相傳屬“揚州之域”。

春秋屬吳、越。

戰國屬楚。

秦屬鄣郡。

漢屬丹陽郡歙縣地。

三國吳屬新都郡休陽縣地。

晉屬新安郡海陽（海寧）縣地。

隋屬歙州休寧縣地。

唐開元二十八年（740）正月初八，析休寧縣回玉鄉和樂平縣懷金鄉，縱橫二百余里，立婺源縣，治設清華，隸屬歙州。

天復元年（901），縣治由清華遷移至弦高鎮（今蚺城街道）。

宋宣和三年（1121），隸屬徽州。

元屬徽州路。

元貞元年（1295），升為婺源州。

明屬徽州府。

明洪武二年（1369），降州為縣。

清仍明制，廢府留縣，1912年，婺源縣直隸安徽省。

1914年屬蕪湖道。

1932年屬安徽省第十行政區。

1934年劃屬江西省，次年屬江西省第五行政區。

1947年屬安徽省第七行政區。

1949年5月復屬江西省，屬華東區贛東北行政區浮梁縣專區，同年9月改屬江西省樂平專區，11月重屬江西省浮梁專區。

1952年10月，劃歸江西省上饒專區。

1970年屬上饒地區。

2000年6月屬上饒市至今。