清道光年間（1821—1850年）屬貞豐州下江第四甲石屯亭。

民國二十九年（1940年），望謨建縣，石屯聯保屬第五區。

民國三十一年（1942年）1月，改為石屯鄉。

民國三十二年（1943年）2月，石屯、董萬2鄉合并為石萬鄉，屬望謨縣播東區。

1953年，劃歸樂元區。

1959年1月，樂元區和城關區合并建樂元公社（駐豈賴村），兩月后撤銷，分別組建樂元公社和城關公社。

石屯鄉改為石屯管理區。

1961年，撤銷并入平寨管理區。

同年恢復石屯公社。

1984年，撤區設石屯、林木山、包樹、打巖4小鄉。

1992年，4小鄉合并為石屯鎮。