深漁村村民（深一大隊）先祖來自清初番禺、新會、廣海、寶安等地的漁民，以海為家，以漁為生，漂泊至此。

1951年各流動漁民、漁船于馬宮港內(nèi)成立“漁民互助組”。

1955年與海豐縣梅隴鎮(zhèn)、聯(lián)安鎮(zhèn)等地流動漁民、漁船（深二大隊）合并成立“流動漁民協(xié)會”（初級社），于1957年進一步吸納流動漁民、漁船擴大合并成立“漁業(yè)深海社”（高級社）。

1961年劃分為“深一大隊”和“深二大隊”。

1984年兩隊重新合并為深漁鄉(xiāng)。

1987年設深漁村，1990年設深漁管理區(qū)，1999年設深漁村委會至今。