西晉太康三年（公元282年）號東冶港，清光緒末年稱馬江尾，民國二年（1913年）設馬江鎮，1951年更名為馬尾鎮，因地處馬江之尾而得名，隸閩侯縣。

1956年，撤鄉改鎮，1958年改制為馬尾人民公社。

1960年1月，從閩侯縣劃歸福州市，隸屬郊區行政辦事處。

3月，撤銷郊區行政辦事處，復置馬尾鎮，隸屬市人民委員會。

1962年1月，恢復郊區行政辦事處，馬尾鎮隸屬之。

1969年馬尾鎮改制為馬尾公社。

1970年2月，與亭江公社、漁業公社合組為馬江公社，直隸市革命委員會。

5月，馬江公社改制為馬江區，下轄馬尾、亭江、漁業3個公社。

1972年1月，漁業公社劃歸市商業局水產站領導。

1975年4月，亭江公社劃歸郊區管轄。

1978年2月，撤銷馬江區并入郊區，復設馬尾鎮，連同馬尾公社隸屬郊區。

1982年8月，恢復馬尾鎮，拆郊區馬尾鎮和馬尾公社成立馬尾區，為市轄區之一，撤銷馬尾鎮，設立馬尾街道辦事處，1995年10月國務院批復調整福州市市轄區的行政區域：馬尾鎮轄馬尾街道辦事處和馬尾鎮，從原郊區劃入的亭江、瑯岐和岐山鎮的魁岐、建坂、龍門、雙協、快洲5個村。

區人民政府駐地不變。

1996年1月市區行政區劃調整后，從原郊區劃入亭江、瑯岐兩個鎮，馬尾街道辦事處更名羅星街道辦事處。

1996年馬尾區轄羅星街道和馬尾、亭江、瑯岐三鎮。