秦始皇二十六年(公元前221年)，置會稽郡，蕭山屬會稽郡地。

西漢初至元始二年(公元2年)間，始建縣，名余暨，屬會稽郡。

“余”為越語，越人稱鹽為“余”，因當時蕭山產鹽，又臨暨浦，所以稱“余暨”。

孫權黃武年間(公元222--229年)，改名永興，屬會稽郡。

唐天寶元年(公元742年)，改永興為蕭山，以蕭然山為名，沿用至今。

作為山名的蕭山，早在《漢書·地理志》余暨縣名之下已有記載，其來歷是當年越王勾踐被吳王夫差戰敗，率剩下兵卒停留于此，四顧蕭然，故稱此山為蕭然山，亦名蕭山。

自唐改稱蕭山以來，除清咸豐十一年(1867年)至同治二年(1863年)太平軍占領蕭山期間，為避西王蕭朝貴、南王馮云山之諱，改為“莦珊”外，均稱蕭山縣。

1949年5月5日，中國人民解放軍解放蕭山，為省直屬縣。

1949年6月底，劃歸紹興專區。

1952年起，復為省直屬縣。

1957年劃歸寧波專區。

1959年改屬杭州市。

1987年11月27日，經國務院批準，撤銷蕭山縣，設立蕭山市(縣級)。

1988年1月1日，蕭山縣改稱蕭山市，仍屬杭州市。

2001年3月25日，蕭山舉行撤市設區掛牌儀式，杭州市蕭山區正式成立。