1949年建政為云江鄉黃垟村。

1955年初級社時，為黃垟農業社。

1956年高級社時，黃垟、高旺、卓岙、徐庫橋合并于卓岙高級社。

1961年公社化時為高旺、卓岙、黃垟三個大隊。

1984年改置黃垟村委會。

1992年6月云江、周萇二鄉合并，改稱云周鄉，黃垟村委會隨屬云周鄉。

2000年8月，云周鄉并到飛云鎮，改稱云周辦事處，黃垟村委會隨屬云周辦事處；2011年屬飛云街道辦事處管轄。

2015年從飛云街道析置云周街道。

2019年撤銷云周街道黃垟村民委員會，設立黃垟社區居民委員會。