中余鄉轄區在清季屬興賢鄉；解放前屬平湖區興仁鄉；1949年5月全縣解放，為馬劍區興仁鄉，次年10月建為中余，佛堂，蒲陽三鄉，1956年合并為中余鄉；1958年10月以區建社，為普豐公社中余管理區；1960年1月浦江縣并入義烏縣時為浦江公社中余大隊；1961年7月為普豐區中余人民公社；1967年1月恢復浦江縣后公社直屬于縣；1980年9月恢復區建制，屬平湖區；1983年8月政社分設改為中余鄉，駐地中余。