原垟邊村1949屬曉坑鄉垟邊村,1950年屬懷溪鄉,1956年稱懷溪鄉垟邊高級社,1958年屬懷溪大隊(管理區),1961年為懷溪公社垟邊大隊,1984年稱垟邊村委會,屬懷溪鄉,2011年隨懷溪鄉并入山門鎮,2016年屬懷溪鎮;原疇垟村解放初屬曉坑鄉,1950年為懷溪鄉黃嶺腳行政村,1956年為懷溪鄉黃嶺腳高級社,1958年為鳳嶺大隊,因重名1981年12月更名為上鳳嶺大隊,1982年又更名為疇垟大隊,1984年恢復建制屬懷溪鄉,2004年小嶺村與疇垟村合并為疇垟村,2011年屬山門鎮,2016年屬懷溪鎮。
2019年撤銷垟邊村、疇垟村,合并建立鳳垟村。