南宋咸淳間（1265～1274）屬於潛縣豐國鄉，明初屬豐國前鄉，清嘉慶十七年（1812）藻溪莊屬豐國前鄉。

民國21年（1932）屬藻溪鎮，民國36年（1947）屬藻溪鄉至解放。

1950年為藻溪鄉藻溪村，1958年為昌化縣天目公社藻溪管理區董家、藻溪生產隊，1961年為臨安縣藻溪公社董家、藻溪、新寺生產大隊，1984年為藻溪鄉董家、藻溪、新寺村，1989年屬藻溪鎮。

2007年村規模調整，三村合并為藻溪村，轄3個自然村。

2011年1月為天目山鎮藻溪村。