南宋咸淳間（1265～1274）屬於潛縣惟新鄉。

清嘉慶十七年（1812）方圓、更樓、秧田莊屬波亭前鄉。

民國初屬太陽鄉，民國21年（1932）方元鋪村屬方元鄉，民國31年（1942）屬西菩鄉，民國36年（1947）屬波西鄉至解放。

1950年為方元鄉方元鋪村，1958年為昌化縣太陽公社方元管理區方元、更樓生產隊，1960年9月屬臨安縣，1961年為方元公社方元、更樓生產大隊，1984年為方元鄉方元、更樓村，1992年屬於潛鎮。

2007年村規模調整，兩村合并為方元村。

轄7個自然村。