1949年10月后沿稱智仁鄉，屬大荊鎮；1951年5月屬雙閤區；1956年2月太和鄉并入本鄉；1956年8月，樂清縣行政區劃調整，屬大荊區；1958年公社化時成立智仁管理區，屬仙溪公社；1961年管理區撤銷，成立智仁公社，屬大荊區；1981年11月改名旸谷岙公社；1983年10月政社分設，改稱旸谷岙鄉；屬大荊區；1992年5月復名智仁鄉，直屬樂清縣；1993年12月樂清撤縣設市，屬樂清市；2011年4月并入大荊鎮；2015年樂清市調整大荊鎮管轄范圍，增設湖霧鎮和智仁鄉。

調整后智仁鄉轄21個行政村，鄉政府駐智仁鄉大井頭村。