三都鎮現域，按南宋淳熙《嚴州圖經》記載，其時（1174—1189）為建德縣新亭鄉屬地；宋末推行都圖制后，為建德縣二、三、四3個都的屬地；清雍正六年（1728）為建德縣楊家、上公、下公、梓里、洪嶺、里周等莊的屬地。

1912年，系建德縣泰明區屬地。

1932年，設置有三都鎮。

1935年，完成鄉鎮整頓后，為三都鎮和楊家、和溪、梓鎮、青云、周雅等鄉的屬地。

解放前后，為三都、前源、洪嶺3個鄉的屬地。

1950年劃建小鄉后，為三都、小里、梓里、前源、洋峨、洪嶺等鄉的屬地。

1956年并鄉后，為三都、前源、洪嶺、梓里（1957年增設）鄉的屬地。

1958年9月，分屬三都公社、洪嶺公社；1959年底屬三都公社。

1961年分屬三都、梓里、洪嶺（1981年改稱鳳凰）、前源等公社。

1983年先后改鄉。

1985年7月三都撤鄉設鎮，1992年撤銷梓里鄉、前源鄉、三都鎮，新設三都鎮；2005年原鳳凰鄉并入。