現村域在南宋淳熙十二年（1185）屬壽昌鄉(xiāng)；宋末推行都圖制后屬十都；清雍正六年（1728）屬商家莊；民國三十年（1941）屬石屏鄉(xiāng)。

解放初為石屏鄉(xiāng)第一、第二、第三村，1950年劃建小鄉(xiāng)后分屬石屏鄉(xiāng)、南山鄉(xiāng)。

1983年12月政社分設后，分別組建商家、下官山、寺墈頭、毛家等4個村的村民委員會，屬石屏鄉(xiāng)人民政府領導，2005年4月起屬航頭鎮(zhèn)政府領導，2007年7月四村合并，取名靈棲村，組建村民委員會開展基層自治管理和服務。