湖州在五帝夏禹時為防風氏（都城在今德清縣武康境內）之地，夏禹滅防風氏其地歸屬揚州，直至商文丁時，吳太伯與其弟仲雍奔荊蠻自號“勾吳”，建立吳國時湖州地屬勾吳。

即“三吳”（蘇州湖州會稽）之一。

周元王三年（473）越滅吳，地屬越國。

周顯王三十五年（334）楚滅越，地屬楚國。

楚考烈王十五年（248），春申君黃歇徙封于此，在此筑城，始置“菰城縣”。

秦王政二十五年（222），置烏程縣。

三國東吳烏程侯寶鼎元年（266）分吳、丹陽兩郡置吳興郡。

隋仁壽二年（602年），以地濱太湖而名“湖州”，為湖州設立之始。

唐代湖州“吳興郡”為上郡。

武德四年，以烏程縣置。

宋代屬兩浙路十二州之一，“湖州吳興郡”。

元代，湖州屬江浙行省“湖州路”。

元至正二十六年十一月（1366年）為“湖州府”。

十四年十一月（1381年）改隸浙江。

清“湖州府”，隸杭嘉湖道。

民國元年（1912）一月烏程、歸安二縣合并為“吳興縣”。

二月湖屬各縣直隸于省。

1949年于吳興縣城區置“吳興市”，1950年改為“湖州市”。

1962年撤銷，1970年復置。

1981年撤銷吳興縣并入湖州市。

1983年10月，撤地建市建湖州、嘉興兩個省轄市。

下轄德清、長興、安吉三縣和城區、郊區。

1988年撤銷城、郊兩區建制，1993年設立城區、南潯、菱湖三區。

2003年撤銷城區、南潯、菱湖三區，設立吳興、南潯兩區。