淳安縣歷史悠久，在新石器時代就有人類活動。

春秋屬吳、越戰國屬楚、秦時為歙縣(現安徽)轄地。

東漢建安十三年（208），孫權遣威武中郎將賀齊擊山越，分歙縣東之葉鄉置始新縣，分歙縣南之武強鄉置新定縣，此為淳安、遂安建縣之始。

西晉太康元年（280）改新定縣為遂安縣。

隋開皇九年（589）改始新縣為新安縣,并遂安、壽昌縣入新安縣。

仁壽三年（603），遂安縣從新安縣分出復立。

大業三年（607）改新安縣為雉山縣。

唐文明元年（684），復改雉山縣為新安縣。

開元二十年（732）改新安縣為還淳縣，唐永貞元年（805），避憲宗李純名諱，改還淳為青溪縣。

北宋宣和三年（1121），改淳化縣為淳安縣。

1958年10月，淳安、遂安兩縣合并為淳安縣。

三國吳置新都郡，以始新縣治為郡治。

西晉太康元年（280），易新都郡為新安郡，縣治仍為郡治。

隋開皇九年（589）置郡置州，屬婺州。

仁壽三年（603）置睦州，縣為州治并屬之。

唐武周神功元年（697），睦州治所始遷建德縣治。

北宋宣和三年（1121），改睦州為嚴州，咸淳元年（1265）改為建德府，隸屬未變。

元時，淳安、遂安屬建德路；明、清屬嚴州府；1912年屬浙江��；1914年屬金華道；1935年屬第五行政督察區；后又多次變更，至1949年，淳安、遂安兩縣改隸第四行政督察區。

解放后，初屬建德專署，1950年撤建德專署，改屬金華專署，1955年劃歸復設的建德專署。

1958年撤建德專屬，淳安屬金華專屬。

1963年，淳安縣劃屬杭州市。

兩縣均建置于208年，為劃徽州歙縣東鄉、南鄉而設，時稱始新縣和新定縣。

新定縣于280年改名遂安縣。

始新縣名幾經更迭，于1131年定名淳安縣。

1958年10月，撤銷遂安縣，并入淳安縣，名稱一直沿用至今。