云縣古名大侯，是勐佑蒲蠻部落十三寨之一。

西漢時屬益州郡哀牢地。

東漢、三國、兩晉時屬永昌郡。

南詔屬永昌節度。

宋大理國時期為蒲蠻勐佑地，屬永昌郡。

元中統間屬麓川路。

明洪武二十四年（1361）設大侯長官司。

1429年升大侯御夷州。

明朝萬歷二十六年（1598）改名云州。

1913年7月19日改為云縣。

1950年2月15日設置云縣人民政府，屬大理專區。

1956年8月1日改屬臨滄專區。

1959年1月與鳳慶縣合并稱云鳳縣，同年10月兩縣分設，恢復云縣建制，自得名后沿用至今。