夏禹屬梁州城。

周朝屬于雍。

秦始皇二十六年（前221）屬西南夷夜郎部。

西漢元封五年（前106）屬犍為郡朱提縣地。

西晉太康二年（281）屬朱提郡南廣縣。

南朝屬寧州朱提郡河陽縣。

隋開皇三年（583）郡改州統縣屬劍南道開邊縣地。

唐南詔時屬爨部地。

宋屬烏蒙部。

元屬烏蒙路宣慰司。

明屬四川府地。

清雍正六年（1728）置永善縣，屬云南省昭通府，縣城設于米貼（今黃華鎮境內），八年（1730），米貼縣城被毀，縣城遷至蓮峰。

清光緒三十四年（1908）劃出北面的副官村另設靖江縣（今綏江、水富兩縣）。

1919年設井檜分縣。

1946年取消分縣。

1950年，屬昭通地區；1950年4月，永善解放屬昭通專區。

1951年，縣城由蓮峰遷至井底（現溪洛渡街道）。

1966年5月13日，劃出檜溪區共14公社歸綏江縣，1969年4月23日，復歸永善。

1970年昭通專區改為昭通地區，永善縣屬昭通地區。

2001年，昭通地區改昭通市，永善縣屬昭通市，至今。