唐初，六詔興起，為蒙舍詔，是南詔的發祥地。

南詔先建都于蒙舍城，后又筑山龍山于圖城。

唐開元二十六年（738）遷都太和城。

蒙古憲宗七年（1257）設蒙舍千戶所，隸大理上萬戶府。

至元十一年（1274）立蒙化府。

至元十四年（1277年）升蒙化府為路。

至元二十年（1283）降蒙化路為州，隸大理路。

明洪武十五年（1382）沿襲元制為蒙化州。

明正統十三年（1448）升為蒙化府。

清順治十六年（1659）襲明制仍設為蒙化府。

康熙五年（1666），裁蒙化衛千總。

康熙六年（1667），并歸蒙化府。

清雍正七年（1729），把原屬楚雄府定邊縣歸蒙化府，在南澗設置南澗巡檢司，隸蒙化府。

乾隆三十五年（1770），改蒙化府為直隸廳。

1942年10月，在蒙化縣設立云南省第五區行政督察專員公署，治所駐縣城東北隅文華書院。

1950年1月10日，蒙化縣人民政府成立。

1950年1月～3月，在此設置“中共蒙化地區工作委員會”和“滇西人民行政專員分署蒙化辦事處”。

1954年6月，報中央內務部批準，蒙化縣改為巍山縣。

1956年11月，撤銷巍山縣，縣境中部和南部成立巍山彝族自治縣，北部成立永建回族自治縣。

1958年10月巍山、永建兩縣合并為巍山彝族回族自治縣，名稱沿用至今。