明代、清代時期，畹町鎮境域屬芒市安撫司。

民國二年（1913年），屬遮卯彈壓委員。

民國二十一年（1932年），設畹町鎮，屬潞西設治局。

1950年10月，設立潞西縣人民政府畹町辦事處，屬于潞西縣。

1952年12月，畹町鎮由潞西縣劃出，升為縣級鎮，屬保山專員公署。

1955年1月，劃歸德宏傣族景頗族自治區。

1958年，瑞麗縣混板鄉劃歸畹町鎮。

1966年，潞西縣嘎中鄉芒令、芒棒、回環及新民鄉幸黨、因臘、回龍、廣董、南帕冷等村寨劃歸畹町鎮。

1985年1月，撤銷畹町鎮（縣級），設立畹町市（縣級市）。

1999年1月，撤銷畹町市，并入瑞麗市，設立瑞麗市畹町經濟開發區（副縣級）。