清代部分居民點已建村，清朝早期歸屬麗江府下蘭州羅氏土知州管轄，清乾隆二年（1737）屬麗江府瀾滄江東保，清晚期屬麗江縣江東西里。

1912年蘭坪設治之初，劃歸蘭坪州江東西里。

1922屬蘭坪縣第七區江東西里。

1934年，推行區、鄉鎮自治，劃歸第四區集鳳鄉，為閭、鄰建制，1939年改為保甲制。

1941年全面推行鄉鎮保甲建制，水銀廠、鳳村統一劃編為石登鄉第十一保，直至解放初。

1953年劃區鄉政權時，以石登鄉第十一保之為區域成立蘭坪縣第三區石登片水銀廠鄉，鄉政府駐水銀廠村。

1958年下半年公社化時期屬石登人民公社來登管理區，基本以村為單元組建生產隊，1961年4月歸屬19個人民公社之一的小格拉公社，編入水銀廠管理區。

1962年4月單獨設立第二區水銀廠公社，1967年11月，劃編為石登區革命委員會水銀廠人民公社。

1969年1月更名為石登公社革命委員會水銀廠大隊。

1984年2月設區建鄉，成立石登區水銀廠鄉人民政府。

1987年12月撤銷區的建制，實行鄉鎮制，設立石登鄉水銀廠村公所，原生產隊改稱生產合作社。

2000年12月“村改委”時改稱水銀廠村民委員會。

自得名后沿用至今。