2000年8月得名。

解放初屬東區，后屬東江分區，1951年屬第七區，1958年人民公社化時，屬六合公社黑水管理區，1963年撤公社改區，屬六合區黑水小公社，1970年撤區改社，屬六合人民公社勝利大隊，1978年勝利大隊復名黑水大隊，1980年從黑水大隊劃出毛谷大隊，1984年撤社改區建小鄉，原大隊改為鄉，為六合區毛谷鄉，1988年全縣開展區鄉體制改革，撤區建鄉，原小鄉改為村公所，為六合鄉毛谷村公所，8月建立六合彝族鄉。

2000年8月，改革農村村級管理體制，撤銷村公所改村委會，為六合彝族鄉毛谷村委會，名稱沿用至今。