兩漢時期，貢山屬越嶲郡邊繳地。

唐南詔時期屬劍川節度。

宋為謀統郡管轄地。

元受麗江木氏土司和麗江路軍民總管府管轄。

清乾隆年間，一度被劃為南北兩段，北部受西藏察瓦隆土司管轄；南部受維西康普、葉枝兩土千總管轄。

清雍正元年（1723）麗江木氏土司“改土歸流”后直屬維西廳。

光緒三十三至三十四年（1907～1908）兼管怒俅兩江的阿墩子彈壓委員夏瑚將菖蒲桶（今貢山）所屬地劃為一、二、三、四、五區。

十六甲、八十八牌，分別委派保董，甲長、牌長以約束。

1912年進駐怒俅殖邊隊后，受蘭坪營盤街“殖邊總局”管轄。

1913年設立菖蒲桶行政委員會。

1918年稱維西廳貢山縣佐區。

1916按東、西、南、北、中將菖蒲桶行政委員劃分為五個保董。

1918年改稱為茨開縣佐。

1922年恢復菖蒲桶行政委員會。

1933年改稱貢山設治局。

1950年3月1日成立貢山縣政務委員會。

1952年改為貢山縣人民政府。

1956年10月1日成立貢山獨龍族怒族自治縣，名稱沿用至今。