元朝時索縣這一帶稱為“索格”。

8世紀中葉，蘇毗與吐蕃統一，索地方劃歸“蘇毗茹”轄區。

9世紀中葉，吐蕃陷入分裂割據，索地方屬于藏北四大部落之一。

南宋寶慶三年（1227），蒙古汗霍爾金格對藏北實施軍事統治。

在索境內形成“索巴”“軍巴”“榮布”等三個部落，并與三十九族地區的一些部落結盟，形成了42個部落，俗稱“四十二族”。

明朝先后歸附蒙古土默特部俺達汗、喀爾喀部卻圖汗。

明崇禎十年(1637)，索縣三大部落又歸附于蒙古和碩特部固始汗，十五年，噶丹頗章政權建立后，歸屬固始汗氏族統治。

五世達賴時期，固始汗將索縣三大部落贈給五世達賴作為溪卡。

清雍正十年（1732），清廷將索地方的三大部落劃歸西藏地方政府管理。

清乾隆十七年（1751），清廷將索地方的三大部落劃歸駐藏大臣管轄。

索縣三大部落歸由駐藏大臣直接管轄。

1916年，在索巴部落建立索宗，歸“霍爾基巧”管轄。

1941年，西藏地方政府撤銷“霍爾基巧”索宗歸“羌基巧”管轄。

1951年8月，昌都地區人民解放委員會第一辦事處成立，索宗隸屬其管轄。

1956年10月，成立了索宗黨委，隸屬昌都分工委丁青中心縣委領導。

1957年2月，索宗由黑河基巧辦事處代管。

1959年7月，索宗由昌都專區劃歸黑河專區，并撤銷索宗，設索縣。

1960年1月，經國務院正式批準，撤銷索宗，設立索縣，隸屬黑河專區。

1970年，隸屬那曲地區。

2017年7月18日，國務院批準撤銷那曲地區設立地級那曲市，索縣屬那曲市管轄。