7世紀前，日土地方屬于象雄阿爾巴。

唐貞觀十八年（644，藏歷木龍年），雅礱悉補野第32代贊普松贊干布任內征服象雄，日土歸于吐蕃治下，隸屬象雄赤迪。

10世紀中葉，吐蕃末代贊普達瑪鄔東贊普的后裔白吉日巴袞在日土建立政權，管理日土、克什米爾、拉達克等地，史稱“上部三袞”之一，白吉日巴袞在一族統治十余代后分裂，一族成為拉達克王系，一族成為亞澤（亞孜）王系（尼泊爾境內），一族成為日土王系。

南宋嘉定十一年（1218，藏歷第四饒迥土虎年），日土地方歸附蒙古汗。

元至元十七年（1280，藏歷第四饒迥鐵龍年），日土隸屬納里速古魯孫元帥府。

明洪武五年（1372，藏歷第六饒迥水鼠年），日土隸屬俄力思軍民元帥府。

15世紀中葉，日土一度被拉達克王占據。

17世紀30年代，拉達克在此占據日土，統治50余年。

清康熙二十二年（1683，藏歷第十一饒迥水豬年），甘丹頗章政權派噶丹次旺率軍驅逐拉達克，收復阿里后，在噶爾昆莎設堆里噶本，在日土設日土宗，隸屬堆里噶本。

清道光二十年（1840，藏歷第十四饒迥鐵鼠年），道格拉（森巴）王室和拉達克聯軍再次襲據日土，西藏地方政府派軍和阿里軍民共同反抗，收復失地，重設日土宗，隸屬堆里噶本。

1915年（藏歷第十五饒迥木兔年），西藏地方政府在日土始設察肖（鹽稅官）。

1951年，日土宗隸屬堆里噶本，1954年，隸屬阿里總管。

1956年11月，日土宗辦事處成立。

1959年4月，日土實行軍事管制，撤銷日土宗和辦事處。

1960年1月，經國務院正式批準，撤銷日土宗，設立日土縣，隸屬阿里專區。

1970年11月，阿里專區更名為阿里地區，日土縣屬之。