7世紀中葉松贊干布任內，統一西藏建立吐蕃政權，窮結屬約茹管轄，在其境內設有雅隆東迪和青龍域參。

9世紀中葉后，吐蕃陷入分裂割據，窮結由聶氏合庫氏等地方勢力統治。

13世紀，元朝及薩迦政權時期，窮結地方屬雅桑萬戶轄區。

14世紀中葉，帕木竹巴政權在瓊結設窮結達孜宗，簡稱窮結宗。

清乾隆十六年（1751），窮結宗歸西藏地方政府管轄。

1912年，西藏地方政府將窮結宗劃歸洛喀基巧管轄。

1956年10月，設立窮結辦事處。

1957年5月，撤銷辦事處。

1960年1月，經國務院批準，撤銷窮結宗，設立窮結縣，隸屬山南專區。

1989年，窮結縣更名為瓊結縣，隸屬山南地區。

2016年1月，撤銷山南地區，設立地級山南市，瓊結縣隸屬山南市。