“十二邦”時期，隸屬“額布查松”，王名公赤森布杰。

7世紀初，被雅礱悉補野囊日倫贊占領，將墨竹地方賞賜給韋氏族。

南宋淳熙六年（1179，藏歷第三饒迥土豬年），仁欽貝在此興建止貢寺，止貢噶舉派在此興起。

南宋嘉熙四年（1240，藏歷第四饒迥鐵鼠年），蒙古將領多達那波率部抵達墨竹，止貢派歸附蒙古汗。

元朝薩迦政權時期，在今墨竹工卡境內設“止貢”“加麻”兩個萬戶府。

元至正十四年（1354，藏歷第六饒迥木馬年），止貢派配合帕木竹巴、雅桑等派，推翻薩迦政權，建起帕木竹巴政權。

明朝帕木竹巴政權在墨竹地方設“加麻都指揮使司”，治所在今墨竹工卡縣甲瑪鄉。

明崇禎十五年（1642，藏歷第十一饒迥水馬年）后，甘丹頗章政權設墨竹工卡宗。

清乾隆十七年（1752，藏歷第十三饒迥水猴年），西藏地方政府將止貢劃入墨竹工卡宗。

1954年至1959年，墨竹工卡宗由衛區管轄。

1960年，撤銷墨竹工卡宗，設立墨竹工卡縣。