6世紀前，西藏先后出現“十二邦”和“四十小邦”。

今林周縣境內有“額布查松”邦和“耶熱宇西”“龍若亞松”兩個小邦。

“額布查松”是“十二邦”之一，其中心為今江熱夏鄉斯木巴村一帶（有城堡遺址）。

3個邦的轄境包括今林周縣、達孜區部分地區及城關區蔡公堂街道。

5世紀末6世紀初，該區域改名為澎域。

7世紀初，悉補野第32代贊普松贊干布建立統一的吐蕃政權后，將吐蕃全境劃分茹、東迪、域參等地方機構。

今林周縣境內為衛茹轄地，衛茹設有10個東迪（千戶所）和18個域參（村級行政機構），其中澎域境內設有4個東迪和3個域參。

9世紀后葉，吐蕃政權崩潰后，西藏處于割據狀態，以薩凱（故址在薩塘，古稱“澎域薩莫崗”，今譯作“撒當”，屬今林周縣卡孜鄉改布村）為中心形成林周縣南部地區最大的地方割據勢力，由卓、瑪兩氏族統治。

北宋嘉祐二年（1057，藏歷第一饒迥火雞年）和南宋淳熙七年（1180，藏歷第三饒迥鐵鼠年），在今林周縣境內先后建立藏傳佛教噶舉派熱振寺、達龍寺，兩座寺逐漸成為澎域北部地區很有影響的政教合一力量，尤其是達龍寺成為統治一方的地方政教勢力。

元朝，中央政府設萬戶制管理西藏地方，林周縣北部大部分地區歸達龍寺管轄，其余地區基本上由“止貢萬戶”統治。

元末、明代，中央政府承認帕木竹巴勢力管理西藏地方事務，絳曲堅贊在西藏實行宗豁制度，設13個大宗，在林周設立倫珠宗（今譯林周，宗治所在今縣城附近），為新建13個大宗之一。

此后較長時期，今林周縣南部由達龍寺控制的倫珠宗管理，而北部地區則由達龍寺控制的旁多宗管理。

明崇禎十五年（1642，藏歷第十一饒迥水馬年），在蒙古汗王固始汗的支持下，第五世達賴喇嘛阿旺羅桑嘉措建立甘丹頗章地方政權，旁多宗、倫珠宗歸其管理。

清康熙十八年（1679，藏歷第十一饒迥土羊年），西藏地方政府在澎域設立倫珠、薩拉、卡孜、朗塘、旁多、達孜6個宗，管理澎域全境，直至20世紀50年代。

其中，倫珠宗管轄范圍最大。

1951年，西藏和平解放，根據《中央人民政府和西藏地方政府關于和平解放西藏辦法的協議》中所明確的“對西藏現行政治制度，中央不予變革”的規定，保持西藏地方在林周境內原有的宗及豁卡的政治體制。

1954年，西藏地方政府設立“衛區”，今林周縣境內設有撒拉豁、朗塘豁、卡孜豁、林周宗。

1956年8月，西藏自治區籌備委員會設立拉薩基巧辦事處，林周縣境內的林周宗、旁多豁、撒拉豁、朗塘豁、卡孜豁，均由拉薩基巧辦事處管轄。

1958年，噶廈在今林周境內設基巧（總管）一職，派一名五品俗官出任基巧，今林周縣轄境分屬于倫珠、撒當、卡孜、朗塘、旁多、達孜6個宗豁。

1959年10月，西藏實行民主改革，國務院批準解散西藏地方政府，西藏自治區籌備委員會撤銷拉薩基巧辦事處，設立拉薩市，林周宗、旁多豁、撒拉豁、朗塘豁、卡孜豁劃歸拉薩市管轄。

1960年1月，撤銷林周宗、旁多豁、撒拉豁、朗塘豁、卡孜豁，合并設立林周縣、旁多縣。

同年，經自治區籌備委員會批準，在原朗塘所轄地建澎波農場，并將卡孜區合并到澎波農場，場部設在甘丹曲果，由西藏軍區農墾建設師領導，達孜縣代管。

林周縣轄唐古、德仲、撒當、阿朗4個區。

1962年10月，撤銷旁多縣，其行政區域并入林周縣。

1971年，林周縣人民政府駐地由甘丹曲果遷至旁多。

1984年10月，西藏自治區將自治區農墾廳林周農場退場還民移交林周縣，開始了撤社建鄉工作，1988年6月，拉薩市委、市政府將由達孜縣代管的彭波區下設的10個鄉，交由林周縣管轄，1988年，林周縣政府亦由原駐地旁多鄉區搬遷至甘旦曲鎮。