明代時期，帕竹地方政權在乃瓊鎮始設覺木隆寺。

清代時期，噶廈在該鎮設有37個谿卡。

1959年3月，設崗德林、乃瓊、色瑪、加熱、加木、波瑪6個鄉農民協會；同年11月，成立乃瓊區。

1961年6月，改6鄉農民協會為鄉1968年7月，改6鄉為公社。

1969年10月，改乃瓊區人民政府為乃瓊區公所。

1987年5月，改稱乃瓊區人民政府；同年11月，將該鄉分設為乃瓊、加熱2鄉。

1993年5月，2鄉合并成立乃瓊鎮。

2019年，撤鎮設街道。