漢神爵三年（前59），西域都護府的設立使其正式納入祖國版圖。

盛唐時期，縣境分屬于大漠、陰山都督府管轄，隸北庭都護府。

元代屬別失八里行省。

清乾隆二十八年（1763），縣境以烏倫古河為界南北分屬于伊犁將軍府和烏里雅蘇臺定邊左副將軍治下的科布多參贊大臣管轄。

同治六年（1867），設布倫托海辦事大臣轄理。

光緒年間，設布倫托海屯局。

光緒三十一年（1905），科（科布多）、阿（阿爾泰）分治，縣境歸屬阿爾泰辦事大臣管轄。

1914年，設布倫托海縣佐。

1919年，阿爾泰劃歸新疆省，置阿山道。

1922年，正式建縣，名布倫托海縣，隸阿山道。

1942年，改名福海縣，隸屬阿山行政區。

1950年，屬阿山專區，全縣設2區，1直屬鄉。

1954年，屬阿勒泰專區。

1970年，屬阿勒泰地區。

1985年，轄1鎮、5鄉、1場。