戰國時期，本鎮屬燕國。

公元446年，北魏王朝拓拔氏入主幽州，瀕海地區因海侵人口銳減，村落荒廢，朝廷提出“凡不足百戶縣者罷之”，故“省泉州入雍奴”，該地屬雍奴縣所轄。

唐天寶元年（742），雍奴縣更名武清，高村屬武清縣。

宋遼對峙時期，高村屬遼國，金朝與南宋對峙時期，高村地區屬金朝武清縣。

元朝屬漷州。

明初，高村屬順天府。

燕王掃北，本鎮村莊又增多四村。

清朝乾隆七年武清縣縣境全圖記載，高村鎮區域屬通州區管轄。

1937年日寇侵占武清后改編為鄉制。

1939年分別屬于武清縣第一區利尚屯鄉和第二區高村鄉和牛鎮鄉。

1940年實行縣公署鄉制，本鎮屬武清第二區被編為兩個鄉，牛鎮鄉和高村鄉。

1948年11月份解放，屬武清第六區，1949年調整區劃，改為第四區，1950年8月改稱第三區，1952年改稱第八區，1957年撤區并鄉建高村鄉。

2013年6月撤鄉建鎮為武清區高村鎮。