民國18年（1929）以鄉建團，以團統甲，漆樹鄉屬協和團，屬宜賓縣白花鎮管轄。

民國29年（1940）撤銷聯保制，改協合團為漆樹鄉。

1950年8月，分漆樹鄉第三保、五保、六保建農團鄉，由宜賓縣管轄。

同年12月，漆樹、新民2鄉合并為漆樹鄉。

1958年8月，漆樹、農團2鄉合并為漆樹公社。

1959年8月，由宜賓縣劃歸自貢市郊區（今自貢市沿灘區）管轄。

1960年2月，漆樹公社并入俞沖公社，同年12月撤俞沖公社復置漆樹公社。

1962年2月，漆樹公社劃出原農團鄉分置。

2005年8月，由沿灘區劃入自流井區。

2019年9月，撤銷農團鄉、漆樹鄉，設立飛龍峽鎮。

飛龍峽鎮是撤鄉并鎮后的新興鄉鎮，現行政區域為原漆樹鄉和原農團鄉的行政區域。

早在1958年7月原漆樹鄉與原農團鄉就曾合并為漆樹人民公社，由宜賓縣管轄，行政區域與現在的飛龍峽鎮相同，1962年2月農團鄉從漆樹人民公社劃出單獨設立行政單位。

2019年9月，根據省市區關于鄉鎮行政區劃調整改革工作的要求，原漆樹鄉和原農團鄉，優化了鄉鎮布局，合并為飛龍峽鎮，重塑了經濟地理格局。