解放前屬綏靖鄉第10保。

1950年改名第10村。

1952年劃歸靖華鄉（后改靖遠鄉）。

1953年屬靖和鄉。

1958年建立花祠大隊，屬龍會鄉人民公社靖和管區。

1961年屬靖和鄉人民公社。

1968年屬靖和公社。

1978年屬華場公社靖和片。

1980年又屬靖和公社。

1984年更名花祠村，屬靖和鄉。

1991年花埝村并入，名稱仍舊。

1992年改隸靖和鎮。

2019年行政區劃調整改革，靖和鎮并入東聯鎮，歸屬東聯鎮管轄，2020年村級建制調整花祠村與三望村合并東聯鎮花祠村，并沿用至今。