童寺鎮駐地位于富順縣城東南部，距縣城27公里。

清朝初年，因廟宇龍鳳庵由一童姓改建，為紀念他，取名童家寺。

清乾隆二十二年（1757）為富順縣東城鄉下東路童家寺保。

中華民國元年（1912）置童寺團，民國二十三年（1934）改團為鄉。

次年全縣設6個區署屬第2區，1950年，分為童寺、鄧灣、老寨、德馨4鄉。

民國三十一年（1942）改屬第3指導區；1950年，經過對舊政權的改造，行政區劃作重大調整，全縣劃為16區，童寺鄉屬15區。

1955年，析童寺、清平、鄧灣、德馨4鄉置宗元鄉。

1955年11月，縣、區、鄉（鎮）調整，設童寺區，所轄童寺鄉。

1958年10月，區劃重大調整，撤銷童寺區，設童寺人民公社歸代寺區管轄。

1961年恢復童寺區建制，所轄童寺人民公社，1983年，童寺公社改為童寺鄉。

1988年撤鄉建鎮。

2001年，撤童寺區建制，芝溪鄉并入童寺鎮。

2019年8月，撤銷寶慶鄉，將其所屬行政區域劃歸童寺鎮管轄。