巴中市的前身是縣、州、郡。

縣建于東漢和帝永元三年（公元91年），時稱漢昌縣，治今巴州鎮，屬益州巴郡。

建安六年（公元201年）改屬益州巴西郡，治今閬中。

建安十八年（213）置巴西郡于漢昌縣，治今巴州鎮；二十三年（218）巴西郡還治閬中，漢昌縣屬宕梁郡。

西晉泰始三年（267），縣屬梁州（治今江口鎮）。

建武元年（304）改漢昌為漢興；東晉安帝（397-418）時復名漢昌，仍屬梁州巴西郡。

南北朝宋末，漢昌縣僑置于今蒼溪、江油縣；蕭齊（479-501）時，復置漢昌縣。

北魏505年于漢昌地置大谷郡，治今巴州鎮；514年于大谷郡北（今江北鄉江北村）置巴州。

蕭梁天藍四年（505）至十六年（517）亦置巴州于今巴州老城，與北魏對峙。

535年，蕭梁統一了兩個巴州，設8郡（大谷、其章、歸化、義陽、遂寧、哀戒、北水、木門郡），領10縣（漢昌、符陽、曾口、義陽、平川、始寧、其章、難江、伏強、池川）1鎮（今儀隴縣金城鎮）。

梁大同元年（535）十月至承圣三年（554），巴州領郡13、縣19。

西魏恭帝元年（554）至魏滅，領郡10、縣15。

北周大象二年（580）巴州屬利州總管府，領郡9、縣14。

隨開皇三年（583）改郡為州，實行州、縣二級地方制；大業三年（607）效秦制，改州為郡，實行地方郡、縣二級制。

隋初，巴州郡領化成、曾口、清化、盤道、歸仁、始寧、其章、恩陽、永穆9縣。

大業三年（607）改巴州郡為清化郡，屬梁州，領縣14，郡治今化成。

唐武德二年（619）改郡為州，巴州領縣7，屬山南道。

開元二十一年（733）屬山南西道；開元（713-741）時，巴州領縣10（化成、盤道、清化、曾口、歸仁、始寧、其章、恩陽、大牟、七盤）郡治化成。

唐代宗永泰元年（765）至五代末，巴州領縣9。

北宋（960-1126）地方建置，州分上、中、下軍。

巴州（中等，軍事）屬利州路（治興元府，今漢中市）領縣5：化成、難江、恩陽、曾口、通江。

南宋（1127-1278），巴州仍屬利州路，時分時合，多屬利州東路，巴州領縣6（通江分設大通江，小通江2縣）。

元代，省下分置路、府、州、縣，巴州屬四川省廣元路、領縣3：化成、曾口、通江。

明初，巴州仍置，省曾口縣；明洪武九年（1376）又省化成縣，旋改巴州為巴縣，隸屬保寧府。

明正德九年（1514）復為巴州，領縣2：通江、南江。

清乾隆元年（1736），四川省設5道，巴州屬川北道保寧府（治閬中），不轄縣，設江口分州于今平昌縣江口鎮。

民國元年（1912），地方建置設省、府、縣（州、廳）三級制，巴州屬四川軍政府保寧府。

民國2年，改巴州為巴中縣，并設江口分縣署，屬川北道（治閬中）；民國3年改屬嘉陵道（治今南充）。

川陜蘇區時期（1932.12-1935.3），巴中境內設川北道蘇維埃、巴中特別市、巴中縣、江口縣、長勝縣、恩陽縣蘇維埃。

民國24年（1935），國民政府統一川政，劃四川為18個行政督察區，巴中縣屬第十五行政督察區（駐今達州市）。

民國35年（1946）9月1日，以巴中縣第三區治江口鎮為局址的平昌設治局正式成立，分治原巴中縣及達縣、通江部分地域。

1949年12月22日，成立巴中縣解放委員會；1950年1月19日，巴中縣人民政府成立，屬西南區川北行政區達縣專區；1952年屬達縣專區；1953年9月屬達縣地區。

1993年7月成立巴中地區，改巴中縣為巴中市，隸屬巴中地區。

2000年6月14日，國務院批準撤銷巴中地區和縣級巴中市，設立地級巴中市。

原縣級巴中市改為縣級區，稱巴州區，治所仍是巴州鎮，沿用至今。