1961年設立申家溝生產(chǎn)大隊；1984年撤銷申家溝生產(chǎn)大隊，設立申家溝村村民委員會。

1949年至1952年為太和區(qū)郭家溝行政村的自然村，1953年至1955年為原太和區(qū)（二區(qū)）郭家溝鄉(xiāng)的自然村，1956年為平城基點原莊鄉(xiāng)的自然村，1958年至1960年為秦家莊超英公社郭家溝管理區(qū)的自然村，1961年為秦家莊公社郭家溝大隊的自然村，1962年至1983年為秦家莊公社申家溝大隊，1984年至2000年為秦家莊鄉(xiāng)申家溝村村民委員會，2001年撤鄉(xiāng)設鎮(zhèn)秦家莊鄉(xiāng)建制未發(fā)生變化，至2020年為秦家莊鄉(xiāng)申家溝村委會。

2021年轄區(qū)劃調(diào)整后因秦家莊鄉(xiāng)整體并入平城鎮(zhèn)，現(xiàn)為平城鎮(zhèn)申家溝村村民委員會。