1949年屬磻溪區磻溪鄉、清溪區清溪鄉；1958年為虢鎮公社磻溪管理區、清溪管理區；1961年設磻溪公社、清溪公社；1966年更名五星公社、工農公社；1970年復名磻溪公社、清溪公社；1984年改磻溪鄉、清溪鄉；1997年，磻溪鄉改為磻溪鎮；2001年12月，撤銷清溪鄉并入磻溪鎮，轄31個村民委員會。

2005年10月，撤銷上河村，并入楊家店村；撤銷雪山洞村，并入潘家灣村。

2018年4月，撤銷張上塬、張下塬兩村，合并成立張家塬村；撤銷上站、下站兩村，合并成立新站村；撤銷景家崖、磻河兩村，合并成立磻溪河村；撤銷三明、二郎廟和胥家溝三村，合并成立三合村；撤銷段家塬、唐家塬和馬尾河三村，合并成立三聯村；撤銷閆家坪和張家嶺村，合并成立閆張村；撤銷斜坡和小寨兩村，合并成立新并村；撤銷小村村，并入潘家灣村。

2018年末，全鎮轄鳳鳴、張家塬、新站、磻溪河、三合、閆張、三聯、新并、潘家灣、韓家塬、雙基堡、黨家堡、楊家店、劉家山、小庵、祁家溝、任家山、姜家塬等18個行政村。