以南宋乾道八年（1172）內捍海塘修筑為標志，祝橋鎮境域漸次成陸，百姓逐漸移居，祝橋地區隸屬松江府上海縣。

明隆慶二年（1568），松江府清丈土地，分團編甲，造業戶魚鱗冊，今祝橋地區始有五團之名，當時的祝橋境域隸于下砂鹽場，僅有團灶機構而無行政建置。

民國23年（1934），南匯縣合并區治，原五團鄉境域隸屬于南匯縣第二區。

至1936年，祝橋集鎮市場繁榮，成為南匯縣第五大鎮。

民國36年（1947）春，恢復五團鄉建置。

1949年5月五團鄉（祝橋地區）解放，成立蘇南行政公署松江專區南匯縣人民政府，祝橋、鹽倉、東海地區隸屬祝橋區管轄。

1958年9月成立東方紅人民公社，祝橋、鹽倉、東海地區屬東方紅人民公社。

1962年3月從鹽倉人民公社劃出10個生產大隊、祝橋人民公社劃出3個生產大隊，成立東海人民公社。

1984年2月實行政社分設，建立祝橋鄉、鹽倉鄉、東海鄉。

1994年9月，撤鄉建鎮，改名祝橋鎮，實現鎮管村體制。

2003年撤銷原祝橋鎮、鹽倉鎮、東海鎮建制，建立新的祝橋鎮。

2006年12月朝陽農場并入祝橋鎮。

2011年施灣、江鎮社區從川沙新鎮劃歸祝橋鎮。