解放初期書院、新港地區先后分屬南匯縣城區、南匯縣第六鄉鎮聯合辦事處、老港區、大團區、泥城區管轄。

1957年南匯縣撤區并鄉，分設新港鄉、書院鄉，直屬南匯縣管轄。

1958年建立書院人民公社，新港鄉分屬老港人民公社和書院人民公社。

1959年6月以原新港鄉范圍建立新港人民公社。

1960年3月5日在東南沿海人民塘外側建立南匯縣機耕農場。

1963年12月劃歸上海市農墾局管轄，改名為東海農場。

1967年初改名為紅衛農場，1968年恢復原名。

1973年底將4158畝土地劃給五七農場（今蘆潮港農場）。

1974年10月又將5546畝土地劃給朝陽農場。

1984年4月政社分社，書院、新港人民公社改為書院鄉、新港鄉。

8月朝陽農場并入東海農場，改名為東海農場朝陽地區。

1985年1月成立朝陽實業公司，隸屬于東海農場。

1988年4月朝陽實業公司與東海農場分開，恢復朝陽農場建制。

1995年9月撤鄉建鎮，分別建立書院鎮、新港鎮。

2001年8月南匯縣撤縣建區，書院鎮、新港鎮均屬南匯區。

2003年5月撤銷原書院鎮、新港鎮以及東海農場社區建制，建立新的書院鎮。

2009年5月隸屬浦東新區。