原為牟平縣第六區、第八區轄地。

1941年，隸屬牟海行政公署第六區。

1942年，改為第十區。

1945年，名崖子區。

同年，西部馬石店等23村化為歸牙前縣，設馬石區。

1950年7月，復稱第十區。

1951年，區下設10鄉。

同年，第十五區5鄉并入。

1955年9月，復稱崖子區。

1956年，原15鄉合并為崖子、崮頭、鳳凰崖、北果子四鄉。

1957年7月，撤區，4鄉直接屬縣。

1958年7月-9月，崮頭，鳳凰崖、北果子3鄉相繼并入崖子鄉，成立崖子人民公社，12月，乳山縣建制撤銷，劃歸煙臺市。

1960年3月，改屬牟平縣。

1961年10月，重設乳山縣后，復歸乳山縣。

1969年7月，析17村置馬石店人民公社。

1984年3月，置崖子鎮。

2001年5月將馬石店鎮撤銷，并入崖子鎮至今。