現李村鎮是由原李村鎮和李莊集鎮合并而來。

原李村鎮,民國初年屬菏澤縣臨河區，1932年搞實驗縣時，改區為鄉。

1942年秋至1949年8月，屬南華縣臨河區。

1949年8月南華縣撤銷后，分別歸屬菏澤縣第六區（呂陵）和第八區（李莊集），下設行鎮村。

1952年春撤銷行政村，區下設鄉，境內有找李、大郭店、李村、油樓、任拐、魏樓六個鄉。

1957年12月撤區并鄉，分別屬李村和高莊兩個鄉。

1958年9月由李村、高莊兩個鄉合并成立了臨黃人民公社，1959年1月改名高莊人民公社。

1963年3月從高莊公社劃出45個自然村成立了李村人民公社，1983年12月17日改社建鄉時，改建為李村鎮，生產大隊改建為村民委員會。

2001年3月原李村鎮和原李莊鎮整建制合并為李村鎮，歸菏澤市牡丹區所轄。

原李莊集鎮，民國初年屬菏澤縣臨河區，1942年秋至1949年8月,屬南華縣臨河區.1949年8月南華縣撤銷后建國后，為菏澤縣第八區，下設行鎮村。

1957年12月撤區并鄉，分別屬李村和高莊兩個鄉。

1958年9月屬由李村、高莊兩個鄉合并成立的臨黃人民公社，1959年1月屬高莊人民公社。

1983年12月17日改社建鄉時，改建為李村鎮，生產大隊改建為村民委員會。

2001年3月原李村鎮和原李莊鎮整建制合并為李村鎮，歸菏澤市牡丹區所轄。