夏商周時，屬鄫國，始置蘭陵縣。

唐貞觀初年，廢蘭陵縣置氶縣，底閣即為氶縣轄地。

明初，嶧州降為縣，屬濟寧府，后改屬兗州府，底閣屬沂州石城鄉干期社。

清乾嘉年間，編行保甲，改社為保，干期社改為底閣保，領48個村。

清宣統元年（1909年），蘭山縣劃分15個鄉區，底閣保屬蘭陵鄉區。

1913年沂州府撤銷，蘭山縣改為臨沂縣，底閣保仍屬蘭陵鄉區。

1930年，全縣并15鄉區為8個區，并改保為鄉鎮，底閣保改為底閣鄉，屬臨沂縣蘭陵第八區。

1943年6月建立蘭陵縣，底閣隸屬蘭陵縣第七區。

1945年5月全區解放，區駐地設埠東店轄區范圍以原甘露鄉的甘露溝、岳城二保為中心，底閣保南去馬莊、荀莊等三村。

區駐地于1951年移駐魏樓村，下置底閣、晁村、甘期寺等十個鄉。

1955年9月，第十二區改為底閣區。

1956年8月，撤區為鄉。

底閣區的晁村、甘期寺、運卜屯、圪塔埠、底閣五鄉合為底閣鄉，鄉政府駐底閣。

同年12月又恢復底閣區。

1958年3月，全縣撤區并鄉撤底閣區改為鄉。

同年9月撤鄉建立人民公社，底閣并入峨山人民公社。

1984年4月建鎮。

2001年鄉鎮合并，原甘露溝鄉并入底閣鎮至今。