夏代鄆地為徐州之城，商代鄆城稱庇，商王祖乙曾遷都于此。

春秋時境東為魯鄆邑。

西漢屬東郡。

東漢屬濟陰郡。

三國魏、晉為兗州刺史治所。

北魏屬濮陽郡。

北周于古鄆邑置清澤縣。

隋開皇四年(584)改為萬安縣，十八年（598）改為鄆城縣，取古鄆邑為名，屬鄆州。

大業初改東平郡治。

唐屬鄆州。

北宋屬濟州。

金大定六年(1166)徙治盤溝村，即今縣城，屬濟州。

元屬濟寧路。

明屬兗州府。

清屬曹州府。

1914年屬濟寧道。

1925年屬曹濮道。

1928年道廢直屬于省。

1936年屬第二行政督察區。

1939年抗日民主政權以今縣境之大部置鄆城縣，先后屬魯西行政區第二專區、冀魯豫行政區第二專區。

1944年析鄆城、巨野、菏澤3縣各一部置鄆巨縣，隸屬同鄆城縣。

1946年鄆城縣改為鄆北縣，析原鄆城、鄆巨、南旺3縣各一部另置鄆城縣，隸屬不變。

1949年鄆北縣并入鄆城縣，屬平原省菏澤專區。

1952年劃歸山東省。

1958年屬濟寧專區。

1959年復屬菏澤專區。

1967年屬菏澤地區。

2000年屬菏澤市。