1930年互助建縣，1949年9月12日，互助縣解放，隸屬青海省人民政府。

1953年改設互助土族自治區，1955年改為互助土族自治縣，1960年劃歸西寧市，1962年復歸省直轄，1978年劃歸海東地區。

1960年4月5日至1961年8月，互助縣隸屬西寧市。

1961年8月15日至1978年9月，為青海省直屬縣。

1978年10月19日，青海省成立海東行署，互助縣隸屬海東行署，2013年2月，海東行署撤銷后設立地級海東市，互助縣屬之。

2000年，互助土族自治縣轄1個鎮、16個鄉、4個民族鄉。

2001年3月19日，青海省人民政府撤銷高寨回族鄉、加定藏族鄉、南門峽鄉和丹麻鄉，分別設立高寨鎮、加定鎮、南門峽鎮和丹麻鎮。

2001年底，互助土族自治縣轄5個鎮、14個鄉、2個民族鄉，2個社區、295個村(牧)委會。

2006年，互助土族自治縣行政區劃調整為撤消沙塘川鄉和雙樹鄉，設立塘川鎮;撤消邊灘鄉，并入林川鄉。

2006年8月，互助縣撤銷邊灘鄉，并入林川鄉;撤銷五十鄉，設立五十鎮;撤銷五峰鄉，設立五峰鎮;撤銷雙樹鄉、沙塘川鄉，合并設立塘川鎮。