清順治元年（1644年），清軍以盛京為留都，設留守盛京昂邦章京、副都統等及八旗軍駐防治之。

順治九年（1652年），清王朝命梅勒章京沙爾虎達、甲喇章京海塔、尼噶禮統官兵駐防寧古塔。

順治十年（1653年），拆分盛京昂邦章京轄區設寧古塔昂邦章京。

康熙元年（1662年），寧古塔昂邦章京改名為鎮守寧古塔等處將軍。

康熙十五年（1676年），寧古塔將軍駐地移駐吉林烏拉。

康熙二十二年（1683年），清廷拆分鎮守寧古塔等處將軍轄區置鎮守黑龍江等處將軍轄區，寧古塔副都統薩布素升任鎮守黑龍江等處將軍。

光緒二十七年（1901年），中東鐵路西部線建成后，建立火車站，因從俄國進入中國東北地區（當時慣稱“滿洲”）的首站，故名“滿洲里站”，俄語為“滿洲里亞”，音譯成漢語變成了“滿洲里”。

光緒二十九年（1903年），設滿洲里鐵路交涉分局。

宣統元年（1909年）10月，黑龍江行省于滿洲里正式設置臚濱府。

民國九年（1920年）2月，復設臚濱縣。

民國十二年（1923年）4月，將滿洲里鐵路交涉分局改為滿洲里市政分局，隸屬東省特別區管轄。

民國二十二年（1933年）1月，偽滿取消臚濱縣，設滿洲里辦事處。

民國二十五年（1936年）1月，改為滿洲里市政管理處。

民國二十九年（1940年），改為滿洲里街。

民國三十年（1941年）1月，改為滿洲里市，隸屬興安北省管轄。

民國三十二年（1943年）10月，改隸興安總省管轄。

民國三十四年（1945年），抗日戰爭勝利后，隸屬呼倫貝爾地方自治政府。

民國三十八年（1949年）4月，隸屬內蒙古自治區呼納盟。

1953年4月，改由內蒙古自治區直轄。

1954年5月，改隸呼倫貝爾盟。

1969年7月，與呼倫貝爾盟一起劃歸黑龍江省管轄，仍隸屬呼倫貝爾盟。

1979年7月，劃歸內蒙古自治區管轄，仍隸屬呼倫貝爾盟。

2001年10月10日，撤銷呼倫貝爾盟設立地級呼倫貝爾市，由呼倫貝爾市代管滿洲里市。

2012年，被列為首批國家經濟開發開放試驗區，隸屬內蒙古自治區人民政府管轄。

2013年，滿洲里市扎賚諾爾礦區以呼倫貝爾市扎賚諾爾區備案，由滿洲里市代管。

2023年3月，內蒙古自治區第十一屆黨委常委會會議決定，扎賚諾爾區由呼倫貝爾市直接管理。