西漢時期，今旗境南部雅布賴一帶屬武威郡，額日布蓋蘇木等區域屬張掖郡，其余大部區域屬匈奴地。

東漢時期，今旗境南部雅布賴一帶屬武威郡，額日布蓋蘇木等區域屬張掖郡，其余大部區域屬鮮卑轄區。

三國時期，今旗境除南端額日布蓋蘇木等屬張掖郡外，其余區域屬河西鮮卑統轄。

西晉時期，今旗境除南端額日布蓋蘇木等屬涼州西郡管轄、西南邊部分區域屬張掖郡外，大部分區域屬河西鮮卑轄地。

東晉咸和二年（327年），今旗境屬前涼政權管轄。

前秦建元十八年（382年），今旗境歸屬前秦。

后涼麟嘉七年（395年），今旗境屬后涼。

北涼永安九年（409年），今旗境歸北涼管轄。

北魏太和二十一年（497年），今旗境屬涼州轄區。

隋大業八年（612年），今旗境南部和西南部屬武威郡、張掖郡，其余大部區域屬東突厥轄地。

唐總章二年（669年），今旗境屬呼延都督府管轄，隸關內道單于都護府。

唐開元二十九年（741年），今旗境南部屬隴右道涼州、西南少部分區域屬甘州，隸屬西河節度使。

元朝時期，今旗境基本屬甘肅行省兀剌海路管轄范圍。

明朝時期，今旗境屬襖爾都司統轄。

清康熙三十六年（1697年），編設阿拉善霍碩特旗，今旗境屬其西部區域。

民國時期，沿襲清制，今旗境仍屬阿拉善霍碩特旗西部地。

1949年10月15日，今阿拉善右旗屬阿拉善霍碩特旗人民政府管轄。

此后，今旗境先后屬阿拉善霍碩特自治區、阿拉善自治區、寧夏蒙古自治區、甘肅省蒙古自治州阿拉善旗、甘肅巴音浩特自治州阿拉善旗管轄。

1956年4月3日，今旗境隨阿拉善旗劃歸內蒙古自治區巴彥淖爾盟（今巴彥淖爾市）管轄。

1961年4月22日，經國務院批準，撤銷阿拉善旗建制，設立阿拉善左旗、阿拉善右旗。

從此，阿拉善右旗成為旗縣級行政區域建制單位。

阿拉善右旗人民委員會駐雅布賴。

同年5月31日，內蒙古自治區人民委員會通知，將原阿拉善旗所屬雅布賴、巴音溫都爾、塔木素布魯格、巴音淖爾、烏力吉筍布爾等5個人民公社劃歸阿拉善右旗，為其行政區域。

1965年，阿拉善右旗人民委員會駐地由雅布賴遷駐額肯呼都格（俗稱上井子）。

1968年，成立阿拉善右旗革命委員會。

1969年7月5日，根據中共中央、國務院的決定，將阿拉善右旗的巴音諾爾、塔木素格布魯格、阿拉騰敖包、烏力吉、筍布爾等人民公社劃入阿拉善左旗后一并劃歸寧夏回族自治區管轄；同時，將阿拉善右旗及所轄其余人民公社，劃歸甘肅省武威地區管轄。

1979年5月30日，中共中央、國務院決定，恢復內蒙古自治區1969年前的行政區域。

同年7月，將阿拉善右旗劃回內蒙古自治區。

同年12月12日，按照國務院批準建立阿拉善盟的決定，阿拉善右旗劃入阿拉善盟，將額肯呼都格改建為鎮。

1980年5月，將阿拉善左旗所轄的阿拉騰敖包、筍布爾、塔木素格布魯格3個人民公社和阿拉騰敖包牧場、塔木素格布魯格牧場劃歸阿拉善右旗管轄。

1981年，阿拉善右旗革命委員會改為阿拉善右旗人民政府，并建立阿拉善右旗人大常委會。