古代在公井（今貢井區）域內。

漢時屬犍為郡江陽縣。

北周（557-591）至宋、元時期均屬榮州（今榮縣）。

明嘉靖年間，改屬富順縣。

1939年9月，正式成立自貢市政府。

富順縣第五區所轄桐垱鎮、長坵鎮等五鎮三鄉劃歸自貢市管轄，其中之桐垱鎮、長坵鎮即今之自流井區。

1942年桐垱鎮更名為自流井鎮。

是年廢鎮設區，自流井鎮為市直屬第一區，長坵鎮為第二區治所未變。

1949年12月，接收原第一區和第二區。

1950年3月25日，市人民政府決定，將一、二區合并為第一區。

1953年1月，將第一區按地名改稱自流井區，建置為縣一級政權。

所轄紅旗、永勝、世平、鞏固4個鄉合并為紅旗、永勝兩個鄉，6月，兩鄉劃郊區管轄，自流井區成為純城市區。

1957年1月，自流井、大安兩區合并，仍稱自流井區。

1959年兩區又分設。

1960年5月1日，成立自流井城市人民公社。

1960年6月，和平、鳳凰和紅旗3個公社先后劃歸自流井區。

1968年4月23日成立區革命委員會。

1979年7月，和平、鳳凰和紅旗公社又劃歸大安區，自流井區再次成為純城市區。

至1980年11月恢復區人民政府。

2005年5月，紅旗鄉、舒坪鎮、仲權鎮、榮邊鎮、高峰鄉、農團鄉、漆樹鄉劃歸自流井區管轄。

2006年9月21日，自流井區設立丹桂街道辦事處、學苑街道辦事處。

2019年撤銷農團鄉和漆樹鄉，設立飛龍峽鎮，撤銷紅旗鄉設立紅旗街道，撤銷高峰鎮設立高峰街道，撤銷舒坪鎮設立舒坪街道。

西漢時（前206～25）屬犍為郡南安縣（今樂山）管轄，東漢屬犍為郡江陽縣所屬。

北周武帝時（561～578）開鑿鹵源豐富的大公井后置公井鎮。

犍為郡設榮州衙門于公井鎮。

唐武德元年（618）改公井鎮為公井縣。

宋神宗熙寧四年（1071）改公井縣為公井鎮屬榮德縣（今榮縣）管轄。

明嘉靖年間（1522～1566）改公井為貢井。

清雍正八年（1730）以榮溪河為界，以東及南（含今筱溪街、長土鎮一帶）設稱富榮東廠，河西貢井（屬榮縣，含今貢井街、艾葉鎮一帶）為富榮西廠，分別在自流井和貢井設置縣丞署。

民國成立后，鹽政發生變化，貢井設蓆草田、茍氏坡、黃石坎鹽垣管區。

1939年9月1日自貢建市，將榮縣所轄貢井鎮、艾葉鄉、敦睦鄉（今建設鎮），富順縣所轄上坵鎮（1942年更名為筱溪鎮）劃歸自貢市。

貢井地區為三（筱溪鎮）、四（貢井鎮）、五（艾葉鄉、敦睦鄉）區。

1950年2月三、四區合并為二區，五區未變。

1953年1月二區改稱貢井區、五區改稱自貢市人民政府第二區公所。

同年6月第二區公所撤銷，城市部分劃歸貢井區，轄貢井街、筱溪街、艾葉街、長土街道辦事處。

農村部分劃歸郊區管轄。

1960年11月由郊區所屬的艾葉、建設、雙塘、榮邊人民公社先后劃歸貢井區管轄。

1982年改人民公社為鄉。

1995年撤雙塘鄉、長土街道辦事處，建長土鎮，撤艾葉鄉、艾葉街道辦事處，建艾葉鎮，撤榮邊鄉和建設鄉，分別建榮邊鎮和建設鎮。

2005年5月，自貢市行政區劃調整，將榮縣所轄成佳、白廟、龍潭、橋頭、五寶、蓮花、章佳、牛尾8鄉鎮劃歸貢井區管轄，同時將貢井區所轄榮邊鎮劃歸自流井區管轄，名稱沿用至今。

2018年11月15日，進行自貢市區劃微調，將貢井區長土鎮石溝村所轄行政區域劃歸大安區管轄。

將貢井區長土鎮石溝村1、12組所轄S305線以北和貢舒路以東行政區劃劃歸自流井區管轄。

明初富順降州為縣，設置新羅鹽課司，管富榮鹽場。

清世宗雍正八年（1730），富順縣官署在自流井設縣丞，管理鹽務，隸屬縣丞所轄。

民國元年（1912），成立自貢地方議事會行使地方行政權利。

1938年經四川省政府批準，成立自貢市政籌備處。

1939年，成立自貢市。

1941年大墳堡改為大文堡。

1944年由新垱鎮（大文）改為自貢市第六區。

1950年由第六、七、九區合并為第三區。

1953年改稱大墳堡區。

1955年經四川省人民政府批準將大墳堡改稱大安區。

1957年合入自流井區。

1959年成立大安區人民公社（區級），直屬自貢市。

1961年恢復大安區建制。

沿灘區原名自貢市郊區，成立于1953年6月15日，其時轄地為今自流井、大安、貢井所轄部分地域的20個行政鄉，即紅旗、太平、永勝、三臺、天池、黃桷、和平、民樂、新燕、愛國、團結、互助、勝利、世平、永安、新勝、建設、水平、新華、固勝。

1959年2月，將其分別屬于富順、宜賓兩縣部分地域劃歸郊區。

1961年7月，將郊區成立之初所劃的地域分別劃回自流井、大安、貢井3個區。

1983年3月，郊區更名為沿灘區，時轄地完全是從富順、宜賓兩縣劃撥的原部分地域。

榮縣相傳古為青陽封國。

晉末設冶官縣。

隋開皇十三年（593），在今縣城設大牢縣治。

唐武德元年（618），置榮州。

明洪武九年（1376），降榮州為榮縣。

1914年屬建昌道。

1935年屬第二行政督察區。

1950年屬內江專區。

1973年劃歸自貢市。

富順縣原為古代江陽縣治域。

北周天和二年（567）設雒原郡及所轄富世縣。

隋開皇二年（582）撤郡存縣，隸于瀘州，縣域約15萬公頃。

唐貞觀二十三年（649）因避諱皇帝李世民的‘世’字，更名為富義縣。

北宋乾德四年（966）升縣為監，隸于梓州（潼川）府路，境域約30萬公頃。

太平興國元年（976）因避諱皇帝趙匡義的‘義’字，易名富順縣，即富順鹽監。

元世祖至元十二年（1275）改富順鹽監為富順安撫使司，20年（1283）升為州，隸于四川行中書省之敘州。

明洪武四年（1371）降州為縣，隸于敘州府。

清代因之。

民國前期先后隸于川南道、永寧道。

民國十七年（公元1928年）裁道，隸屬四川省。

民國二十四年（1935），隸于四川省第七行政督察區，縣域331.2萬畝。

1949年以后，富順縣先后隸于瀘縣、隆昌、瀘州、宜賓。

1983年從宜賓地區劃歸自貢市管轄至今。