清康熙二十六年(1687）設定海縣，康熙皇帝以山（舟山島）名為舟，則動而不靜，取海波永定之義命名。

1953年析定海縣始設普陀縣，1987年設區，因境內佛教名山普陀山得名；據《中國歷史地名大辭典》：普陀山原名普陀洛迦、補陀洛迦、補恒洛迦、布吐洛迦，梵語意為小白花。

1949年始設翁洲縣，1950年并入定海縣，1953年析置岱山縣，以駐地岱山島得名；岱山為東岳泰山之別稱，意為雄峙東海；另據《大德昌國州圖志》：岱山在（東）海之北，傳所謂岱輿、蓬萊或者始名于此，島名可能源于傳說中的岱輿。

以嵊山（神前、陳錢、盡山）、泗礁山兩島的首字得名；嵊泗為島嶼圍拱之意，據《中國地名辭源》：傳早年有人航海過此，見其旁有四塊礁石，故名泗礁山。

金塘一名最早出現五代后梁開平三年（909）望海縣其一鄉。宋乾道《四明圖經·梵慧院釋伽記》：“有鄉號金塘，自縣治之西，航海可到。上有古道，曰梵慧，得之舊耆老，唐咸通中（860-874），編民虞益，舍田興建。”得名之說有三：一說取自“據險而守，固若金湯”之意，“金湯”一詞后引伸為“金塘”。清康熙《定海縣志·金塘山圖說》：“金塘雖處海中，實隸翁洲之內。譬之家，翁洲為門，金塘為庭，鎮海為室，是金塘兀峙中間，與邑相為唇齒也。”二說島產豐饒富足，曾名金藏島，后諧音為金塘島。三說傳昔島嶼西側大蒲灣海塘以內，筑有大塘，塘內土地肥沃，年年豐收，故名金塘。

該島從東南到西北有六條山嶺蜿蜒橫貫，狀如蛇，而當地稱蛇鎮盱為""橫""，故名六橫，而鎮址在六橫島上，故名之。