今普蘭店區境在戰國時期屬燕國遼東郡。

西漢時期（公元前107年），定治于沓氏縣（在今鐵西辦事處）建立。

東漢時期（公元190年），該地區屬新置的平州遼東郡。

三國、西晉時期（公元238～274年），區境仍屬遼東郡。

[28]西晉末年（公元404年），區境被高句麗割據。

唐代（公元668年），區境為安東都護府所轄。

遼神冊四年（公元919年），置扶州、蘇州，區境分屬二州。

金末分屬復州、金州。

元代分屬金、復州萬戶府。

明代時，區境分屬金州衛、復州衛。

清代時，區境分屬復州、寧海縣（1843年后改為金州廳）。

1898年3月，沙俄強迫清政府簽訂《旅大租地條約》，同年5月簽訂《續訂旅大租地條約》占據旅大。

1899年8月，沙皇敕令實行“關東州”官制，設貔子窩（今皮口街道，下同）等4市5區。

1905年，俄日簽訂《樸茨茅斯和約》，沙俄將其旅大租借權轉讓給日本。

日軍占領金州，置金州軍政署，下設貔子窩、普蘭店、亮甲店等5個管區。

1908年，普蘭店管區改為出張所，隸屬金州民政支署。

民國八年（1919年），關東都督府改為關東廳。

民國十九年（1930年），金、普民政支署升格為民政署。

民國三十年（1931年），日本帝國主義發動“九·一八”事變，侵占了東北三省，將遼寧省改為奉天省，轄復縣（今瓦房店市）。

偽滿洲國成立，今市境北部屬偽滿洲國之復縣。

民國二十三年（1934年），設關東局，下設關東州廳，并實行會制，今區南部設貔子窩民政署、普蘭店民政署，下設38個會。

民國二十五年（1936年），偽滿洲國實行街村制，被復縣轄制的有復東、田家等16個村全部和復東鎮的大部、天臺村的小部分。

民國三十四年（1945年）9月初，中共膠東區委根據中央指示精神，決定將日偽統治時期設置的貔子窩、普蘭店民政署所轄38個會地域建置新金縣。

9月25日，中國共產黨領導下的新金縣政府在貔子窩宣告成立。

11月17日中共新金縣委成立。

1946年9月，新金縣三十里堡、亮甲店、登沙河3個區劃入金縣（今金州區，下同）；同年又從三十里堡區分劃出石河驛區，從登沙河區東北部劃出14個村成立杏樹屯區，亮甲店區北部13個村屯，增設華家屯區。

1947年2月5日，原隸屬于新金縣的長山區（現長海縣）劃入金縣。

1958年11月，經中共遼寧省委、省政府批復，新金縣政府從貔子窩鎮遷到普蘭店鎮，縣直機關從15日起正式辦公。

1991年11月30日，經國務院批準，撤銷新金縣，設立普蘭店市（縣級）。

1992年2月28日，普蘭店市成立大會召開。

2010年5月，大連市啟動新市區管理體制，將普蘭店市豐榮街道、南山街道、太平街道、鐵西街道劃入大連市新市區，與經遼寧省政府批準金州區三十里堡街道、石河街道，瓦房店市炮臺鎮、復州灣鎮（后均改設街道）劃歸普蘭店市管轄成立的普蘭店灣新區（簡稱普灣新區），與普蘭店市政府合署辦公，同時掛普蘭店市政府和普灣新區管委會牌子，普蘭店市政府由府前路12號遷入炮臺鎮的普灣新區管委會。

2013年1月，經遼寧省人民政府同意，普蘭店市元臺鎮、瓦窩鎮正式劃歸瓦房店市管轄。

2014年6月23日，國家級新區金普新區（位于大連市中南部，包括金州區全部行政區和普蘭店區部分地區總面積約2299平方公里）成立。

2015年10月13日，經國務院批準，撤銷普蘭店市，設立普蘭店區。

2016年1月，為加快金州區城市建設，經遼寧省人民政府同意將普蘭店區石河、三十里堡、炮臺、復州灣四個街道劃歸大連市金州區管轄。

2016年1月31日普蘭店區舉行成立大會，撤銷大連普灣新區黨工委、管委會，普灣新區黨工委、管委會不再與大連普蘭店區人民政府合署辦公，將普蘭店劃歸金州區的石河、三十里堡、炮臺、復州灣四個街道成立普灣經濟區管委會在原普灣新區管委會辦公樓辦公承接原普灣新區管委會各大局，至此大連普灣經濟區為大連市金州區四大正局級功能區之一，普蘭店區政府由金州區炮臺街道的普灣經濟區管委會遷回府前路12號原普蘭店市人民政府大樓（后遷至普蘭店區世紀路西段98號）。

同時將原普蘭店市各大局、政府部門、行政機構牌子正式更名大連普蘭店區。

2019年12月，經大連市政府同意，太平街道和南山街道合并，撤銷南山街道，合并成立新的太平街道。